丙硫氧嘧啶可能引起中性粒细胞胞浆抗体相关性血管炎（甲巯咪唑较少发生），发病机制与在其在中性粒细胞聚集，与髓过氧化物酶（MPO）结合，导致MPO结构改变，诱导中性粒细胞胞浆抗体有关。以肾脏受累多见，主要表现为蛋白尿、进行性肾损伤、发热、关节痛、肌痛、咳嗽、咯血等，通常可在停药后缓解，但严重病例需要大剂量糖皮质激素治疗。

　　①丙硫氧嘧啶在体内活性代谢物具有肝细胞毒性，可引起不同程度的肝细胞坏死，表现为肝脏转氨酶AST及ALT升高和严重肝炎，多数患者伴随甲状腺功能恢复正常3个月内而缓解，但应注意监测肝功能。 

　　②丙硫氧嘧啶能致严重的血液系统异常，在治疗开始后应定期检查血常规。