研究发现，阿奇霉素具有增加心律失常、心电图Q-T间期延长和尖端扭转型室性心动过速风险的心脏毒性。若静脉注射风险更高（因此，药液浓度应控制在1～2mg/ml，滴速宜缓慢，静脉滴注500mg≥60分钟，1000mg≥2～3小时）同时监测心电图。2013年美国FDA公示，使用阿奇霉素时，需对患者进行筛查：①有心动过缓、Q-T间期延长和综合征、尖端扭转型室性心律失常史、代偿性心力衰竭者。②患者处于心律失常状态、未纠正的低血钾、低血镁症者。③正在应用延长心电图Q-T间期药（抗心律失常、抗精神病药、抗抑郁药、氟喹诺酮类药、抗过敏药）慎用。④老年人（对延长心电图Q-T间期的药品更为敏感）慎用，儿童慎用。

同时，口服剂量宜小，用于沙眼衣原体、杜克嗜血杆菌、淋球菌所致的性传播疾病，单剂量1000mg；用于其他感染，一日500mg，连续3天，总剂量1500mg。或首剂500mg，第2～5天起一日250mg。连续服用超过5天以上须停药1～2天，鉴于阿奇霉素在体内的血浆半衰期长达48～76小时，应避免血浆药物浓度过高，在体内逐渐蓄积而引起中毒。