胃肠是与外界相通的开放系统，每日与大量病原微生物接触。胃酸、胃肠道黏膜、胃肠道拥有的正常菌群可以通过复杂的机制防止局部和全身感染的发生。PPI破坏胃酸、胃肠道黏膜的保护机制可能造成如下影响：①正常情况下胃内pH值为1.0～2.0，足以灭活大部分随食物进入胃内的细菌，阻止它们进入肠道；而长期使用PPI的人群，其胃内pH值可达到6.0～7.0，失去胃酸屏障将导致胃内细菌定植和肠道菌群过度生长。②胃酸及胃蛋白酶在食物消化方面起着重要作用。研究表明，在低胃酸情况下，肠道中未被吸收的营养物质，尤其是蛋白质类将增加，这些物质进入肠道，将促进某些细菌的生长，从而改变肠道菌群结构。③PPI具有延长胃排空时间、降低胃内黏液黏度等作用，削弱胃肠道的自我保护能力，增加胃肠道感染的可能性。

　　鉴于长期抑酸可使胃十二指肠的酸度降低，破坏胃酸保护屏障和灭活细菌机制，削弱杀菌能力，并使细菌总量增加，可能诱发腹泻、肾炎、肺炎、血小板计数减少、横纹肌溶解症、急性间质性肾炎或艰难梭状芽孢杆菌感染（RR=2.15）。