治疗鞭虫病首选阿苯达唑（胶囊剂、片剂），一次200mg，一日2次，连服3天，虫卵阴转率高达59%，重度感染的疗程为5～7天，未见明显不良反应，偶有头昏、恶心、腹痛、吐虫或肝脏转氨酶一过性升高等轻微反应，可自行缓解。

或选甲苯达唑，一次100mg，一日2次，连服3天，治愈率为60%～80%，未治愈者虫卵显著减少，重度感染可治疗6天或重复1个疗程，患者耐受良好，仅轻微胃肠反应。 

次选噻嘧啶口服，一次10mg/kg，连续3天，重症者连服5天，治愈率达100%。不良反应轻而短暂，可自行缓解。其次，复方噻嘧啶片也可选用，含有噻嘧啶和奥克太尔，噻嘧啶按24mg/kg顿服，连续2天，可使虫鞭虫卵阴转率达到93.8%。