华法林为两种不同活性的消旋异构体R和S型异构体的混合物，在肝脏两种异构体通过不同途径代谢。S型主要通过CYP2C9代谢，R型主要通过CYP3A4、CYP1A2代谢。量效关系受遗传和环境因素影响。S型异构体比R型的抗凝效果提高5倍，因此干扰S型华法林异构体代谢因素更为重要。 CYP2C9、维生素K环氧合物还原酶（VKORC1）是重要基因，主要有三个点位的基因多态性（CYP2C9、VKORC1-1639G、VKORC1-1173C），影响着华法林起始和维持剂量、代谢和抗凝效果。

研究显示，基因变异是造成个体间华法林维持量差异和药物相互作用的原因。如CYP2C9（2C9*1、2C9*2、2C9*3）、VKORC1、CYP2C19因变异导致35%～50%的患者对华法林反应存在个体差异，需更低起始剂量。接受华法林抗凝治疗如服用过量则可出现致命性出血，但剂量过低则会有抗凝不足而致血栓风险，选择适宜的起始剂量十分重要，而基因检测有助于指导剂量调整的临床信息。 

2007年8月，美国FDA批准更新华法林说明书，在警示信息中标明人的遗传差异可影响其对药物的反应。2010年，美国FDA再次修改说明书，建议结合筛查VKORC1和CYP2C9*3的基因型来考虑华法林的初始剂量。