①依照临床特征来合理选用，如需尽快建立一个肠道正常菌群，宜用双歧三联活菌胶囊，其所含的粪链球菌、嗜酸乳杆菌、双歧杆菌分别定植在肠道上、中、下部位，迅速繁殖，作用快而持久，在整个肠道形成一道屏障；或选用金双歧，亦为长双歧杆菌、保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌的三联活菌制剂，其中长双歧杆菌更宜国人。对痉挛性和功能性便秘者，可选用双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、乳酸菌、乳酸菌素等，其成分为乳酸菌、双歧杆菌，在繁殖中会产生有机酸，使肠管水分的分泌增加，同时肠道的酸性降低，促使大便中水量增多而使粪便易于排出。

　　②对抗生素相关性腹泻（伪膜性肠炎）或食物中毒，可首选酪酸菌，其耐酸且抗腐败性强。 

　　③微生态制剂大多数为细菌或蛋白，在服用时宜注意过敏反应。 

　　④微生态制剂服后对抗生素的耐药性是否转移。目前的研究暂时表明，除少数乳酸菌的抗药基因由编码而可在远源细菌转移外，大多数乳酸菌、双歧杆菌的耐药性为非转移的。但鉴于缺乏大样本循证医学的研究结论，迄今仅为推论。 

　　⑤掌握合理剂量，微生态制剂的剂量应适宜，一般在3亿个活菌左右。过量会致腹泻，过少则起不到治疗效果。 

　　⑥注意益生菌与寡糖的协同作用，寡糖可作为底物被肠道正常菌群利用，能选择性地刺激肠内益生菌生长、繁殖，作为某些益生菌的增殖因子，增强益生菌的竞争优势；益生菌分泌的消化酶可使寡糖消化为单糖，使其被益生菌或人体利用。