目前认为，治疗细菌性阴道病最有效的药是甲硝唑或替硝唑，其对阴道内多数厌氧菌敏感，并使阴道内的pH值下降而抑制阴道加特纳菌的生长和繁殖。

甲硝唑的给药分为口服或外用。外用可选泡腾片或栓剂，一次200mg，睡前塞入阴道内，连续5～7天；或替硝唑栓或泡腾片一次1枚，睡前塞入阴道内，一日1次，连续7天。口服可用甲硝唑（灭滴灵）片一次0.2g，一日3次，连续10～14天；或替硝唑片，其服后在血浆半衰期较长，因此服药次数可减少为一次2g，一日1次，连续2天。

如病情较轻，也可选用氨苄西林（安比西林）空腹口服，一次0.5g，一日4次，连续5～7天；如发现患者在治疗后有症状复发，可重新再治疗1个疗程，同时检查其配偶，是否发生龟头炎症状，并同时给予甲硝唑口服治疗。