联合应用不同作用点的抗疟药，使疟原虫的不同代谢环节受到药物干扰。

　　①治疗疟疾仍推荐应用氯喹（杀灭血液中无性体，控制疟疾发作或复发）联合应用伯氨喹（杀灭肝组织内疟原虫和配子体，起根治作用）。 

　　②恶性疟脑型静脉滴注奎宁治疗仍为有效的抢救措施之一。 

　　③对耐氯喹的恶性疟虫株，首选咯萘啶或用甲氟喹，亦可应用青蒿素或乙胺嘧啶加磺胺多辛或奎宁。青蒿素可控制疟疾急性发作。 

　　④对于间日疟和三日疟，目前氯喹和伯氨喹为首选药。前者杀灭红细胞内裂殖体，控制急性发作；后者可杀灭肝脏内无组织型裂殖体与血中配子体，防止复发与传播。我国创制成功的磷酸咯萘啶，可用于抗氯喹恶性疟和恶性疟脑型凶险发作。 

　　⑤疟原虫对氯喹、乙氨嘧啶较易产生耐药性，其次是奎宁和伯氨喹，耐乙氨嘧啶的疟原虫株，其二氢叶酸还原酶大量增加或与乙氨嘧啶的亲和力明显降低，使乙氨嘧啶对疟原虫的抑制作用明显减弱。为防止耐药现象的发生，目前提倡联合用药即两种不同作用点的药物合用，使疟原虫的不同代谢环节受到药物的干扰，起到协同作用，既能减少给药剂量，加快杀灭疟原虫速度，有效地杀灭已对其中一种药物产生抗药性的疟原虫。目前多以乙氨嘧啶（或甲氧苄嘧啶）和磺胺类药（磺胺多辛或氨苯砜）联合应用，前者抑制二氢叶酸还原酶，后者抑制二氢叶酸合成酶，对疟原虫的叶酸代谢途径受到双重阻断作用，抑制虫株的叶酸和核酸的合成。