对微生态制剂稳定性的影响因素包括温度、湿度、酸度、金属和机械摩擦的力度。但不同菌株对高热的耐受性差异较大，其中芽孢杆菌、酪酸菌耐热力最强，乳酸菌、酵母菌、双歧杆菌等不耐热，死菌无关，应区别处置：

　　①部分微生态制剂要求冷链和于低温（2～10℃）下保存，如双歧三联活菌胶囊（培菲康）；

　　②部分活菌制剂不耐酸，宜在餐前30分钟服用，如双歧杆菌活菌（丽珠肠乐）；

　　③大多数微生态制剂不耐热，服用时不宜以热水送服，宜选用30～40℃温水；

　　④不宜与抗酸剂、抗生素、磺胺类、氟喹诺酮类、小檗碱、活性炭、鞣酸蛋白、铋剂或氢氧化铝同服，以免杀灭菌株或减弱药效，至少间隔时间约2小时。

　　此外，微生态制剂大多数为细菌或蛋白质，服用时宜注意过敏反应，过敏者禁用。另有继发感染的可能。偶见大便干燥、腹胀。