胃肠道黏膜及其拥有的正常菌群可通过复杂机制（占位、屏障、抑菌、免疫等）防止局部和全身感染的发生，PPI的长期使用可破坏这一保护机制，引起感染。PPI导致的肠道菌群失调是感染性腹泻的高危因素，尤其是院内艰难梭菌感染性腹泻（CDAD）。且抑酸强度与艰难梭菌感染风险之间呈剂量-效应关系，长程应用PPI可使艰难梭状芽孢感染复发。

　　国外对1166例应用甲硝唑和万古霉素治疗的艰难梭菌感染患者进行调研，其中527例（45.2%）曾在诊断后14天内曾服用过PPI。使用PPI的艰难梭菌感染复发率为25.2%，而非使用PPI者为18.5%（校正HR=1.42），尤其80岁以上和不针对艰难梭菌感染选用抗生素者（OR=1.71）的复发风险更高。 

　　伴随PPI的广泛应用，CDAD的发病率逐渐升高。一项系统性回顾纳入126999例患者，证实CDAD与PPI治疗有关，但比值比低于其他肠道感染（OR=2.05，95%CI=1.47～2.85）。